El nombre de la ciudad tiene origen árabe, Banu-Issa, además de que muchos otros territorios rurales del municipio conservan el nombre árabe (la Alfama, la Ràpita, el Rafalet, etc.), por lo tanto podemos confirmar que se asentó aquí un núcleo de población arábiga, que estuvo en el territorio hasta que Jaime I El Conquistador llegó a Benissa en 1248.

En 1609 se produjo la expulsión de los moriscos el territorio se repobló por gentes procedentes de los Pirineos, Cataluña y Aragón. La muralla que rodea la villa, de la cual aún quedan restos, data de esta época.